1、含义不同：井顶高程是指井筒内离地面水平面最高点的高度，也就是井口上方的高度；孔口高程是指地下钻孔的口部在垂直方向上与海平面之间的高度差，通常也包括孔口处的海拔高度。

2、用途不同：井顶高程通常用于计算井身长度、钻探深度、地层厚度等方面；孔口高程可以用来计算地下岩层的厚度和倾角以及地下水位等信息。

3、测量方法不同：井顶高程通常通过测量井口处的高程以及井顶部的高程来计算确定；孔口高程可以根据地面水平面高程和井口处高程来计算或者通过下传测深仪测量得出。